O setor de Coleções Especiais é formado pelos seguintes acervos:

      Obras Raras: documentos de valor histórico e que se enquadram nos critérios de raridades definidos na política de desenvolvimento de coleções da biblioteca. É um dos mais ricos do país sendo analisado por pesquisadores do mundo todo.

      Manuscritos: acervo composto de originais de textos escritos a mão, datilografados ou digitados, antes de serem publicados, de todas as áreas do conhecimento humano.

      Mapoteca: acervo composto de mapas, atlas, globos, material bibliográfico e outros materiais cartográficos prioritariamente os do Estados de Pernambuco com valor histórico.

      Iconografia: acervo constituído por material bibliográfico, fotografias (da instituição), cartões postais, calendários e outros materiais iconográficos de todas as áreas de conhecimento humano.

      Coleção Pernambucana: acervo constituído de documentos de autores pernambucanos ou radicados no Estado, e obras que têm Pernambuco como tema, produzido por qualquer meio ou processo de impressão ou gravação.

      Periódicos: acervo composto por diversos volumes que abrangem distintas áreas do conhecimento. Tem como particularidade produções de vários segmentos: estaduais, institucionais e organizacionais. O Diário Oficial do Estado de Pernambuco integra o seu acervo, bem como periódicos de produção local, regional, nacional e internacional. 

      Para ter acesso ao acervo de Coleções Especiais é preciso realizar um cadastro que requer RG e CPF e comprovante de residência. A solicitação de pesquisa e consulta é realizada mediante agendamento por e-mail ou telefone (estarão disponíveis a partir de 24 horas depois da solicitação). Por se tratar de uma coleção especial de documentos raros, é obrigatório o uso de luvas e máscaras para manuseio (de responsabilidade dos usuários). A consulta é local e o documento não pode sair para empréstimo domiciliar. Pode-se consultar até 2 obras por vez e até 12 por dia de consulta. A pesquisa bibliográfica pode ser realizada nos terminais de consulta, catálogos físicos (dos respectivos setores) ou por email. Além disso, o documento pode ser fotografado e filmado, sem o uso de flash, após assinatura de termo de responsabilidade de utilização de imagens do acervo. O setor também dispõe de acervo digital que pode ser consultado no computador do setor de Coleções Especiais ou enviado (pdf), conforme solicitação por email e autorização da chefia. É permitido o uso de computador pessoal no setor.